一种水稻孕穗期稳定表达的耐冷基因qCT-3-2HHZ及其分子标记方法，属于水稻高产抗逆育种和分子遗传学领域。根据连锁及连锁不平衡现象，利用“黄华占”与8个多样性丰富的供体亲本衍生的相互关联的育种群体，采用全基因组关联分析及物理作图方法，精细定位和验证孕穗期稳定性表达耐冷性基因qCT-3-2HHZ，进一步开发基于普通PCR的实用经济型标记ZCT-7。将本发明应用于水稻耐冷害的辅助选择育种和聚合育种，能够有效的弥补以往自然变异基因的不足，不但可以显著降低利用初定位结果开展辅助育种带来的负面影响，而且可以在苗期对低世代的育种群体进行基因型选择，获得耐冷个体，便于及时的杂交转育，省去成株期低温抗性鉴定的过程，提高育种效率，加快育种进程。