本发明提供了一种利用小麦蛋白制备肠营养肽的方法，属于小麦蛋白深加工技术领域。该方法包括：(1)将小麦蛋白与多糖预混、加水分散，获得经多糖增溶的小麦蛋白悬浮液；(2)选用ProtamexTM复合蛋白酶对小麦蛋白进行分步限制性酶解，后一步酶解的底物为上步酶解产生的沉淀，酶解次数控制在3-4次，最终沉淀中蛋白含量低于5％(干基)即停止酶解；(3)将上述各步酶解离心后的上清液采用连续酶解-膜分离耦合系统处理，系统中添加一定量的Alcalase碱性蛋白酶酶解一定时间后，透过液经纳滤脱盐，即得到高谷氨酰胺低聚小麦肽。所制备的小麦活性肽能够明显减轻肠炎大鼠肠粘膜损伤程度，促进肠粘膜蛋白、DNA的合成，具有显著的肠营养功效。