本发明提供一种提高黄羽肉鸡剩余采食量遗传进展的基因组选择方法，并进一步提供与黄羽肉鸡剩余采食量性状显著相关的4个SNP标记及其应用。本发明以快大型黄羽鸡种为素材，通过RFI的表型和全基因组SNP测定，筛选并验证获得黄羽肉鸡RFI控制显著SNP标记。通过在SSGBLUP方法估计中增加显著SNP权重的方法，提高育种值估计的准确性。为实现RFI复杂性状的早期选择和性状相关等位基因的快速纯和，加快遗传选择进展提供技术支撑。培育品系的优势等位基因位点处于高频或纯和状态，在新品系应用于配套系创制过程中，还可较大程度上避免出现后代性状分离的问题。