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本发明涉及对水稻种质资源基因进行快速精细定位的技术方法，该方法主要包括以下步骤：1)选用遗传变异广泛的水稻品种为供体分别与同一轮回亲本杂交、回交和对回交导入系随机群体进行高产、抗旱、耐盐等目标性状选择，获得目标性状的选择导入系群体；2)对多亲本的选择导入系群体进行非目标性状表型考察，利用高通量测序得到的基因型和表型通过全基因组关联分析定位影响非目标性状的QTL；3)采用高密度SNP基因型鉴定QTL置信区间内重组株系，选择导入频率低的重组株系结合表型值进一步精细定位QTL。本发明方法适用于进行了高密度测序的多亲本回交群体的数量性状QTL定位和精细定位，缩短了基因图位克隆的时间、大大加快了分子育种进程。
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