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本发明公开了水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD的分子标记，为采用引物对RM20621以带有籼稻品种Doddi血缘的育种材料基因组DNA为模版扩增出来的185bp核苷酸序列；引物对RM20621的正向引物序列如SEQ ID No.1所示，引物对RM20621的反向引物序列如SEQ ID No.2所示。本发明的分子标记可用于孕穗期育种群体的基因型选择，有效地鉴别带有该基因的耐冷个体，便于及时的杂交转育，加快育种进程。
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