本发明公开了一种具有肠道益生功能的柑橘果胶及其制备方法与应用。本发明制备方法包括如下步骤：将柑橘皮粉与水混合，并加入酸溶液调节pH后反应；然后用碱溶液调节体系pH，加入复合酶进行酶解，即得到柑橘果胶。本发明所述柑橘果胶应用于制备具有肠道益生功能的产品中；所述产品包括食品、药品、保健品和饮料中至少一种。本发明简单、生产成本低，果胶提取率高达25.98％；所得柑橘果胶在体外厌氧发酵过程中能显著提高短链脂肪酸的产量，具有良好的肠道益生功能；采用复合方式柑橘果胶，实现了柑橘加工废弃物的综合利用，减少了资源浪费和环境污染，增加了产品附加值。