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本发明涉及利用基于全基因组测序的3K基因组数据比对参考基因组日本晴所获得的包括SNP、InDel和SV等在内的不同维度变异信息，通过统一整合，生成包含超过3000份样本变异信息的水稻多样本整合图谱OsMS‑IVMap1.0。该图谱的创建过程，一方面基于多样本的多种基因组变异搜寻方法；另一方面对不同维度的变异信息进行统一格式化。利用该图谱可以对水稻的重要遗传变异进行整体分析并高效的对比不同类型的基因组变异分布情况，主要应用于在以水稻为代表的模式生物中进行全基因组的变异检测、标记开发和基因功能等研究。
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