本发明公开了一种无菌斑马鱼的生产方法。该方法包括如下步骤：1)将斑马鱼受精卵置于AB-GZM溶液中，于25-29℃培养3-8h；2)用所述AB-GZM溶液漂洗；3)用0.005g/L的聚维酮碘水溶液浸泡1-2min；4)用无菌GZM溶液漂洗；5)用漂白剂漂白10-20min；6)用所述无菌GZM溶液漂洗，漂洗后，将受精卵置于所述无菌GZM溶液中培养，温度为25-29℃，光周期为L10：D14至L14：D10；7)待胚胎孵化后，每天进行所述无菌GZM溶液的半量换液；从孵化后的斑马鱼中获得无菌斑马鱼。本发明通过自然繁殖获得斑马鱼受精卵，最终获得无菌斑马鱼；本发明为研究微生物与斑马鱼之间的相互作用及多生物学进程提供了方便的材料，对进一步研究微生物和其脊椎动物宿主之间关系的内在机制也具有十分重要的参考意义。